De conformidad con la Ley son beneficiarios del Régimen Subsidiado, toda la población pobre y vulnerable, clasificada en Niveles I y II del Sisben o del instrumento que lo sustituya, siempre y cuando no estén afiliados al Régimen Contributivo o deban estar en él o en otros regímenes especiales y de excepción.

También son beneficiarios del Régimen Subsidiado las poblaciones especiales registradas en los listados censales y las prioritarias que defina el Gobierno Nacional y se priorizará teniendo en cuenta los siguientes criterios:

1. Recién nacidos
2. Menores desvinculados del conflicto armado, bajo la protección del Instituto Colombiano de Bienestar Familiar
3. La población del área rural
4. Población indígena
5. Población del área urbana de los estratos 1y 2.

En cada uno de los grupos de población, descritos en los numerales 3, 4 y 5 anteriores, se priorizarán los potenciales afiliados en el siguiente orden:

1. Mujeres en estado de embarazo o período de lactancia que se inscriban en programas de control prenatal y pos-natal.
2. Niños menores de cinco años.
3. Población en condición de desplazamiento forzado.
4. Población con discapacidad identificada mediante encuesta SISBEN.
5. Mujeres cabeza de familia, según la definición legal.
6. Población de la tercera edad.
7. Núcleos familiares de las madres comunitarias.
8. Desmovilizados.

Los recién nacidos, la población infantil menor de 5 años y los menores desvinculados del conflicto armado bajo la protección del ICBF, podrán afiliarse sin su grupo familiar.